这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰）由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养巴托先生密切监视着马丁的一举一动表面上把马丁视如己出实则却把他当作研究对象暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程让马丁研究他父亲生前的时空传送装置马丁看上去英俊帅气无异于常人除了的惊人的生长速度和超人的天资才能不久马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗